Учреждена постановлением Священного Синода под председательством Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Алексия II от 19 июля 2006 года.
Полное название: Религиозная организация — духовная образовательная организация высшего образования «Екатеринодарская духовная семинария Екатеринодарской и Кубанской Епархии Русской Православной Церкви».
И.о. ректора семинарии является иерей Андрей Кретов
